ProHap дозволяє генерувати базу даних протеомів людини з урахуванням різноманітності популяції

Нурк С. та ін. Повна послідовність геному людини. Наука 37644–53 (2022).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

McCarthy, S. та ін. Еталонна панель із 64 976 гаплотипів для визначення генотипу. Нац. Жене. 481279–1283 (2016).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Menschaert, G. & Fenyö, D. Протеогеноміка з точки зору біоінформатики: поле, що розвивається. Мас-спектр. Рев. 36584–599 (2017).

Стаття CAS PubMed Google Scholar

Несвіжський А. І. Протеогеноміка: концепції, застосування та обчислювальні стратегії. Нац. методи 111114–1125 (2014).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Wang, X. & Zhang, B. customProDB: пакет R для створення налаштованих баз даних білка з даних RNA-Seq для пошуку в протеоміці. Біоінформатика 293235–3237 (2013).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Umer, HM та ін. Створення баз даних протеогеноміки на основі ENSEMBL сприяє ідентифікації неканонічних пептидів. Біоінформатика 381470–1472 (2022).

Стаття CAS PubMed Google Scholar

Spooner, W. та ін. Гаплозавр обчислює білкові гаплотипи для використання в розробці точних ліків. Нац. Поширений. 94128 (2018).

Стаття PubMed PubMed Central Google Scholar

Cao, X. & Xing, J. PrecisionProDB: покращення продуктивності протеоміки для прецизійної медицини. Біоінформатика 373361–3363 (2021).

Стаття CAS PubMed Google Scholar

Ліцензія MIT (2024) https://choosealicense.com/licenses/mit/ (перевірено 24 січня 2024).

Auton, A. та ін. Глобальна довідка про генетичні варіації людини. природа 52668–74 (2015).

Стаття PubMed Google Scholar

Lowy-Gallego, E. та ін. Варіант із використанням збірки GRCh38 із даними третьої фази проекту 1000 геномів. Welcome Open Res 450 (2019).

Стаття PubMed PubMed Central Google Scholar

Vašíček, J. Послідовності білкових гаплотипів, отримані ProHap із набору даних 1000 Genomes Project. Зенодо https://zenodo.org/records/12671237 (2024).

Vašíček, J. Послідовності білкових гаплотипів, отримані ProHap з набору даних Haplotype Reference Consortium Release 1.1. Зенодо https://doi.org/10.5281/zenodo.12671302 (2024).

Ляо, В.-В. та ін. Проект посилання на пангеном людини. природа 617312–324 (2023).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Vašíček, J. Послідовності білкових гаплотипів, отримані ProHap з набору даних Human Pangenome Reference Consortium. Зенодо https://doi.org/10.5281/zenodo.12686819 (2024).

Vašíček, J. та ін. Знаходження гаплотипових ознак у білках. GigaScience 12giad093 (2023).

Стаття PubMed Central Google Scholar

Geyer, PE та ін. Протеоміка виявляє вплив тривалої втрати ваги на протеом плазми людини. мол. сист. Biol. 12901 (2016).

Стаття PubMed PubMed Central Google Scholar

Vašíček, J. & Skiadopoulou, D. Повторна обробка набору даних «Профілювання протеома плазми виявляє вплив втрати ваги на сімейство аполіпопротеїнів і статус системного запалення». Зенодо https://doi.org/10.5281/zenodo.12725746 (2024).

Бадер, Дж. М., Альбрехт, В. і Манн, М. Протеоміка рідин організму на основі MS: кінець початку. мол. Стільниковий. Протеоміка 22100577 (2023).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Skiadopoulou, D. та ін. Час утримання та предиктори фрагментації підвищують впевненість у ідентифікації поширених варіантів пептидів. J. Proteome Res. 223190–3199 (2023).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Морено-Естрада, А. та ін. Генетика Мексики повторює субструктуру індіанців і впливає на біомедичні ознаки. Наука 3441280–1285 (2014).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Фокс, К. Ілюзія інклюзії: дослідницька програма «Усі ми» та ДНК корінних народів. Н. англ. J. Med. 383411–413 (2020).

Стаття PubMed Google Scholar

Hudson, M. та ін. Права, інтереси та очікування: погляди корінного населення на необмежений доступ до геномних даних. Нац. Преподобний Женет. 21377–384 (2020).

Стаття CAS PubMed Google Scholar

Birney, E., Inouye, M., Raff, J., Rutherford, A. & Scally, A. Мова раси, етнічної приналежності та походження в генетичних дослідженнях людини. Препринт на https://doi.org/10.48550/arXiv.2106.10041 (2021).

Cunningham, F. та ін. Ансамбль 2022. Nucleic Acids Res. 50D988–D995 (2022).

Стаття CAS PubMed Google Scholar

Kowalski, MH та ін. Використання >100 000 послідовностей цілого генома консорціуму NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) покращує якість імпутації та виявлення асоціацій рідкісних варіантів у змішаному африканському та латиноамериканському/латиноамериканському населеннях. PLoS Genet. 15e1008500 (2019).

Стаття PubMed PubMed Central Google Scholar

Morales, J. та ін. Спільний набір стенограм NCBI та EMBL-EBI для клінічної геноміки та досліджень. природа 604310–315 (2022).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Declercq, A. та ін. РС²Rescore: перерахунок на основі даних значно підвищує швидкість ідентифікації імунопептидів. мол. Стільниковий. Протеоміка 21(8), 100266 (2022).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Hickey, G. та ін. Побудова графа пангенома з вирівнювання генома за допомогою Minigraph-Cactus. Нац. Біотехнологія. 42663–673 (2024).

Стаття CAS PubMed Google Scholar

Stawiński, P. & Płoski, R. Genebe.net: впровадження та підтвердження автоматичного призначення критеріїв патогенності варіанту ACMG. Clin. Жене. 106119–126 (2024).

Стаття PubMed Google Scholar

Водел, М., Барснес, Х., Бервен, Ф. С., Сікманн, А. та Мартенс, Л. SearchGUI: графічний інтерфейс користувача з відкритим кодом для одночасного пошуку OMSSA та X!Tandem. Протеоміка 11996–999 (2011).

Стаття CAS PubMed Google Scholar

Водель, М. та ін. PeptideShaker дає змогу повторно аналізувати набори протеомних даних, отриманих із MS. Нац. Біотехнологія. 3322–24 (2015).

Стаття CAS PubMed Google Scholar

Fenyö, D. & Beavis, RC Метод оцінки статистичної значущості ідентифікації білка на основі мас-спектрометрії з використанням загальних схем оцінки. анальний Chem. 75768–774 (2003).

Стаття PubMed Google Scholar

Park, CY, Klammer, AA, Käll, L., MacCoss, MJ & Noble, WS. Швидка та точна ідентифікація пептиду з тандемних мас-спектрів. J. Proteome Res. 73022–3027 (2008).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Käll, L., Canterbury, JD, Weston, J., Noble, WS & MacCoss, MJ. Напівкероване навчання для ідентифікації пептидів із наборів даних протеоміки дробовика. Нац. методи 4923–925 (2007).

Стаття PubMed Google Scholar

Bouwmeester, R., Gabriels, R., Hulstaert, N., Martens, L. & Degroeve, S. DeepLC може передбачити час утримування для пептидів, які несуть ще невідомі модифікації. Нац. методи 181363–1369 (2021).

Стаття PubMed Google Scholar

Declercq, A. та ін. Оновлений веб-сервер MS2PIP підтримує найсучасніші програми протеоміки. Nucleic Acids Res. 51W338–W342 (2023).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Unger, L., Mathisen, AF, Chera, S., Legøy, TA & Ghila, L. Код GLI контролює рівні HNF1A під час диференціації передньої кишки. Міжн. J. Dev. Biol. https://doi.org/10.1387/ijdb.230220lg (2024).

Конг, А. Т., Лепревост, Ф. В., Автономов, Д. М., Меллахеруву, Д. і Несвіжський, А. І. MSFragger: надшвидка та повна ідентифікація пептидів у протеоміці на основі мас-спектрометрії. Нац. методи 14513–520 (2017).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Teo , GC , Polasky , DA , Yu , F. & Nesvizhskii , AI Алгоритм швидкого деізотопування та його реалізація в пошуковій системі MSFragger . J. Proteome Res. 20498–505 (2021).

Стаття CAS PubMed Google Scholar

Yang, KL та ін. MSBooster: покращує показники ідентифікації пептидів за допомогою функцій глибокого навчання. Нац. Поширений. 144539 (2023).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Claeys, T. та ін. lesSDRF — це більше: максимізація цінності даних протеоміки за допомогою спрощеної анотації метаданих. Нац. Поширений. 146743 (2023).

Стаття CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Käll, L., Storey, JD & Noble, WS. Непараметрична оцінка ймовірностей задньої помилки, пов’язаної з пептидами, визначеними тандемною мас-спектрометрією. Біоінформатика 24i42–i48 (2008).

Стаття PubMed PubMed Central Google Scholar